内分泌因素也可以引起偏头痛：

少男少女在童年时代患偏头痛的机会是均等的，但是进入青春期后，这一比率就明显的拉开了距离，约有一半的女性患者诉说，月经来潮时与偏头痛之间存在一定的联系，雌激素与孕酮的起伏波动，对偏头痛患者的发作起着很重要的作用，由此引起的偏头痛，其发病时间有规律性，通常是在行径的前2天和后3天。最新的研究表明，女性在月经期开始的最初2天出现偏头痛的可能性是一个月中其他时间的2倍，这一发现仅适用与无先兆的偏头痛。研究人员认为在月经期开始之前雌激素水平的降低可能会诱发偏头痛的发作，很多的女性病人月经期骗头痛发作，而妊娠期头痛减轻或者消失，分娩后在发作也说明和雌性激素的水平密切的相关，进一步的研究证实发现，体内的雌激素猛增的时候，会产生大量的一种叫做“血清基的”神经化学元素，血清基能够刺激大脑神经，导致心烦意乱不安，情绪激动，从而导致偏头痛。

另外，患偏头痛的妇女月经期后，血液中前列腺素会大量的释放与安多非的镇痛剂和麻醉作用，一增一减，使得偏头痛明显的加重，因此科学家称这种偏头痛为“月经性偏头痛”。

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